Предполагается, что в основе болезни а-цепей лежит первичный иммунодефицит, связанный с врожденным нарушением синтеза иммуноглобулинов. Высказывается также гипотеза о возможности возникновения болезни а-цепей вследствие длительной инвазии кишечными микроорганизмами, вызывающими повышенную продукцию IgA. Нельзя исключить и возможности специфического вирусного агента как этиологического фактора.

Последовательные гистологические исследования показали, что при болезни а-цепей происходит переход от высокодифференцированного лимфопролиферативного процесса к бластной клеточной пролиферации, свойственной лимфомам. Поэтому в настоящее время полагают, что болезнь а-цепей и лимфома представляют различные стадии одного процесса.