Прежде всего необходимо провести дифференциальный диагноз с острой дизентерией. В связи с необходимостью соблюдения противоэпидемического режима нередко больной до установления правильного диагноза обследуется в инфекционном отделении. Дизентерию исключают на основании отрицательных посевов кала и исследований крови на антигены дизентерийных бактерий. Эндоскопическая картина, свойственная язвенному колиту (см. выше), не характерна для дизентерии, при которой, как правило, имеются лишь гиперемия, эрозии и геморрагии. Важно также, что антибактериальная терапия, дающая быстрый эффект при дизентерии, при НЯК или неэффективна или ведет к прогрессированию болезни.

Дифференциально-диагностические трудности возникают при болезни Крона с локализацией в прямой и ободочной кишке. При язвенном колите в отличие от гранулематозного отсутствуют поражения периа-нальной зоны (свищи, трещины), воспалительный процесс в кишке начинается со слизистой оболочки и с самого начала сопровождается кровотечениями, отсутствует рельеф типа «булыжной мостовой», щеле-видные язвы. При гистологическом исследовании биопсийного или операционного материала в подслизистом слое отсутствуют характерные для болезни Крона типичные эпителиоидные гранулемы с клетками Пирогова—Лангханса.

Исключительно важное значение имеет дифференциальный диагноз с эндофитно растущими опухолями толстой кишки (рак, лимфома), диффузным семейным полипозом, в распознавании которых решающее значение имеют колонофиброскопия с множественной повторной биопсией пораженных участков кишки.

Для ишемического поражения толстой кишки характерны боль в левой половине живота, запоры и выделения крови с калом. Дифференциально-диагностическими критериями могут служить сосудистый шум над брюшным отделом аорты, отсутствие симптомов интоксикации и диареи.